Le vocable de Notre-Dame de Confession est connu à partir du XIIème siècle. La statue, d’une hauteur de 98 centimètres, fait partie de la renommée de l'abbaye, et se situe dans la crypte. Quant à son histoire, elle est ancienne. On affirmait autrefois qu'elle avait été rapportée par Lazare, et sculptée par saint Luc dans un bois de fenouil. En réalité, elle serait du XIIIème siècle, et en bois de noyer très sombre. Son autre surnom de Feunou serait issu, non pas de fenouil, mais du feu nouveau. La Vierge, couronnée et voilée, trône en majesté, tenant, de la main gauche, l’enfant Jésus sur ses genoux.
Il semble attesté qu'à la Chandeleur, le 2 février, la Vierge était et est habillée de vert, et que les fidèles appelés à la procession reçoivent des cierges bénis de couleur verte. François Marchetti signale cette pratique dans son livre "Explications des usages et coutumes marseillais", paru en 1683.
Pendant la Révolution, cette statue a pu être sauvée mais le trésor, constitué de vêtements et bijoux, est dispersé en 1794. La statue est vendue aux enchères et adjugée à M. Laforêt, officier municipal ; elle est ensuite exposée dans différentes églises.
Le 19 mai 1804, veille de Pentecôte, l'église supérieure est rendue au culte et devient paroissiale. Le lendemain, 20 mai, on rapporte la Vierge Noire de l'église de Saint-Jérôme (aujourd'hui Saint-Charles), à Saint-Victor. Le 2 février 1822, la Vierge Noire est descendue dans sa chapelle souterraine enfin restaurée.
Actuellement, l'office se célèbre dans les catacombes et la tradition est de toucher la robe verte de la statue avec des cierges verts et de ne les allumer qu'ensuite. On y vend des patisseries dont la fabrication est gardée secrète de père en fils. Elles portent le nom de navettes et affectent très exactement la forme de la barque d'Isis, ou, pour les marseillais, la barque qui, selon la légende, aurait amené aux Saintes-Maries-de-la-Mer Marie Salomé, Marie Jacobé et Marie Madeleine accompagnées de Sarah. Cette fête, typiquement marseillaise, très populaire, a rassemblé au début du XIXème siècle entre 60 000 et 80 000 personnes.
